Основой для сотрудничества в научной и образовательной сфере являются Межправительственное Соглашение о сотрудничестве в области культуры, образования и научно-исследовательской деятельности 1992 года, Соглашение между Правительством Российской Федерации и Финляндской Республики о сотрудничестве в области науки и техники 1992 года, а также ряд двусторонних межведомственных и межвузовских договоров.

Россия и Финляндия рассматривают друг друга в качестве перспективных научных партнеров и отмечают, что на сегодняшний день существует достаточно широкое пространство для реализации совместных проектов в сфере инноваций и модернизации.

В соответствии с имеющимися соглашениями осуществляется прямое сотрудничество между Академией Финляндии (АФ), Российской академией наук (РАН), Российским фондом фундаментальных исследований  и Российским гуманитарным фондом. В число наиболее перспективных направлений двустороннего научно-технического сотрудничества входят ядерная физика, физика низких температур, нанотехнологии и наноматериалы, науки о жизни, информационные и телекоммуникационные технологии, экология и рациональное природопользование с акцентом на инновационное взаимодействие, биотехнологии. Интенсивно осуществляются контакты в области гуманитарных и общественных наук, включая финно-угроведение, социально-экономические аспекты переходных экономик, историю.

В рамках двусторонних соглашений в области атомной энергетики осуществляется активное взаимодействие между Росатомом, Ростехнадзором, Ленинградской, Кольской АЭС, Министерством занятости и экономического развития Финляндии (МЭФ), а также Центром радиационной и ядерной безопасности Финляндии (STUK). Регулярно проводятся семинары с участием ведущих экспертов указанных организаций по вопросам повышения безопасности при обращении с отработанным ядерным топливом, его хранении и окончательном захоронении, физической защиты, контроля и учета радиоактивных материалов, осуществлялись тренинги по действиям персонала АЭС при возникновении аварийных или внештатных ситуаций. 

В феврале 2014 г. подписано двустороннее соглашение между Россией и Финляндией в области мирного  использования  атомной  энергии.

Совместные проекты реализуются также по линии Академии Финляндии, Финского метеорологического Института, а также РАН и РФФИ.

В рамках сотрудничества в области образования реализуется проект «Трансграничный университет» (Finnish-Russian Cross-Border University), в котором принимают участие шесть российских вузов (Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Европейский университет (г. Санкт-Петербург), Санкт-Петербургская лесотехническая академия, Петрозаводский государственный университет, Московский государственный университет леса) и два финских вуза – университет г. Тампере и Восточно-Финляндский университет.

Обмен студентами и аспирантами ведется по линии Центра международных обменов Министерства просвещения Финляндии (CIMO), а также в рамках соглашения между Академией Финляндии и Российской академией наук. Успешно реализуется программа обмена студентами вузов Финляндии и Северо-Западного региона России (FIRST).